1937年抗日战争爆发前，经缪云台、龚自知、方国瑜等人推荐，熊庆来接受云南省主席龙云聘请，出任云南大学校长。熊庆来在任12年，开创了云南大学发展史上的“黄金时代”。

1939年1月26日的《云南日报》第四版刊发了熊庆来就任云南大学校长的宣誓词，他在宣誓时特别提到：“余绝不妄费一钱，妄用一人，并绝不营私舞弊，及受授贿赂。如违背誓言，愿受最严厉之处罚。”这次宣誓已经过去了70多年，重温这份已经尘封的誓词，仍能感受到身为数学家、教育家的熊庆来在不到一分钟的宣誓里的那份朴实、坚定、简洁和铿锵。重读熊庆来的这份誓词，联想熊庆来履职后的成就，就不难发现，廉洁的品质，惟潜移默化于心，方外化表露于行。

熊庆来女儿熊秉慧曾在怀念父亲的文章《春蚕到死丝方尽》中写道：“我的大哥考清华大学时，父亲在清华任教（负责出数学试题），为了避免嫌疑到外地去了一段时间，直到发榜才回清华大学。父亲崇尚清廉，痛恶贪污腐化，常以自己两袖清风为荣。母亲受父亲影响也坚持清廉作风。母亲告诉我们曾有这样一件事：有一天一位客人来家里托母亲说情，让父亲录取一学生入云南大学。临走时送给母亲一个纸包，打开一看是一条金项链，母亲被惊吓住了，立即退还给客人，并拒绝了他的请求。”

1949年7月，熊庆来离开云大到巴黎参加联合国教科文组织的一次国际会议。临行前，熊庆来向当时的教育部申请一笔为云大采购学术书籍的经费，教育部长从扩充改良费内拨给银元1800元，按当时的汇率兑换成1000美金，交熊庆来带出国专用。熊庆来到巴黎不久，中国大陆就解放了，国民党政权土崩瓦解，已无暇过问这项经费的来龙去脉。而与国民党断绝关系的熊庆来在国外既无经济来源，又重病缠身——脑溢血突致半身不遂，“赖友好与多方面的支助，得部分恢复健康，并以残废之身在巴黎过着清苦的生活”。当时的情况下，他即使把这笔钱用光了也无可厚非，但熊庆来分文未动，拿这笔钱买了科学前沿书籍并托人辗转带回国内交给云南大学。1957年，熊庆来在周恩来总理的亲自关怀下回到了北京，他打听的第一件事就是这批书籍的下落，当他得知云南大学已如数收到时，才放下心来。

熊庆来之子熊秉衡在《父亲的一些往事》中回忆：“父亲离校不久，云大便被宣布解散整顿，母亲带着全家离开云大校长寓所，迁往钱局街敬节堂巷。一天，调整后的云大当局派了一位职员来到家中，给母亲一笔价值约为3个月工资的钱，说是给父亲的。母亲问：‘是他的薪水吗？’‘不是。’‘那么，这是什么钱？’来人含糊其词，说不清名目。母亲很生气，说：‘这不明不白的钱，我不能收。’将钱如数退给了来人。也在这个时期，法国领事馆知道了父亲已被停发薪金，家中生活拮据，也派人送来了一笔钱，同样被母亲回绝了。母亲讲起这些事，并告诫我们做一个清白正直的人，来历不清的钱是不能接受的。”（黄光平）